新挑战！KOD One在NGS领域的实验应用！
新挑战！KOD One在NGS领域的实验应用！
KOD One®️ PCR Master Mix/KOD One®️ PCR Master Mix -Blue- 是含有改良型KOD DNA polymerase（UKOD）的PCR 用2×Master Mix。
在具有高保真性・高扩增效率的改良型KOD DNA polymerase（UKOD）中，通过引入延伸增强技术，在维持高保真性的同时，实现了延伸时间最短1 sec./ kb 的高速PCR。此外，在兼具高成功率的同时，对粗样品以及使用含次黄苷（dI）或尿嘧啶（dU）引物的模板也可以进行扩增。
近期，我们发现KOD One® PCR Master Mix可以应用于NGS领域，在文库构建中也有不错的表现。在二代测序中，文库的扩增偏差会影响到覆盖率，本产品能够低偏差且快速地进行扩增，因此不仅适用于短读取（Short read）文库的扩增，也非常适合长读取（Long read）文库的扩增。
实验方案
本次我们使用了KOD One® PCR Master Mix来扩增GC含量为70%的来自Thermus thermophilus的文库，在Illumina MiSeq平台上进行测序，并比较了测序后的数据。
实验结果
对于文库的GC含量，归一化覆盖率（左图：○）越接近1，说明偏差越小。即使是高GC含量的文库，使用KOD One® PCR Master Mix扩增后，其归一化覆盖率也接近1，显示出较少的偏差。同时，使用相同的read数进行覆盖率比较时，KOD One® PCR Master Mix也显示出更好的结果，即使是较少的read量也能展示高覆盖率。
另外，KOD One® PCR Master Mix在长链片段的扩增上也有优势，不仅适用于Short read的文库扩增，也适用于Long read的文库扩增。
根据样本种类、模板的大小分布，最佳循环次数通常设定为1～3个循环，有关文库的添加量和循环次数，可以参考下表。
磁珠凝结解决方案
我们发现许多的客户在使用KOD One®️ PCR Master Mix进行NGS文库扩增时，遇到了磁珠凝结的现象。
我们在经过多次确认后找到了优化解决方案，希望可以帮助到每一位客户。
问题·现象
使用细小的磁珠进行纯化时，可能会观察到磁珠聚集（磁珠粘附在管壁上的现象），但纯化本身是没有问题的。在纯化前进行以下处理可有效抑制磁珠凝结现象。
使用Proteinase K进行处理：
每50μL PCR产物中添加1μL的10~20 mg/mL Proteinase K，在室温下放置1min以上。
使用Tween 20进行处理：
每50μLPCR产物中添加1μL的10% Tween 20。